João Fernandes es ahora el subdirector de Conservación, Investigación y Difusión del Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía (Madrid), en sustitución de Lynne Cooke, quien ocupaba el puesto desde el año 2008.
Fernandes es licenciado en Lenguas y Literaturas Modernas por la Universidad de Oporto y cuenta con estudios de postgrado de la Universidad de Lisboa. En 2003 fue nombrado director del Museo Serralves donde comisarió exposiciones de artistas como Eduardo Batarda, Dara Birnbaum, Lourdes Castro, François Dufrêne, Barry Le Va, Manoel de Oliveira, Júlio Pomar, Robert Rauschenberg, Paula Rego o Alvaro Siza.
Como director adjunto del Museo Serralves, cargo que ocupó anteriormente, entre 1996 y 2003, organizó exposiciones sobre la obra de Tacita Dean, Pierre Huyghe, Fernando Lanhas, Alburquerque Mendes, Lygia Pape, Joana Vasconcelos o João Vieira.
En sus inicios profesionales organizó y comisarió la representación portuguesa de la 1ª Bienal de Johannesburgo (1995), la 24ª Bienal de Arte de São Paulo (2003) y, conjuntamente con Vicente Todolí, la 50ª Bienal de Venecia (2003).
João Fernandes es miembro del Conselho Geral da Universidade do Minho y del Conselho de Representantes da Faculdade de Belas Artes do Porto y da Faculdade de Arquitectura de Oporto, así como del IKT (Internationale Kunstausstellungsleiter – Tagung).
